12月22日，东岸炮兵抵达济宁州城下，而此时，高第、孔希贵二人也已经平灭了归德府内的土寇——当然也顺便糟蹋了一把地方，然后开始联络正率小股兵马在兖州府、东昌府一带剿匪的梅勒章京赖恼，准备举兵东进。
而在北方，进军神速的新任登州总兵佟养量、临清总兵宜永贵也率军五万开进了德州、临清州一线——五万余人的军队从清廷下诏开始只过了一个月就动员完毕，然后行军至山东北部，在古代军队中也是难得的高效率了。至于保定总兵鲁国男，现也已筹集完毕粮草军械，开始兼程南下，准备在济南府与其余数路清军汇合。
清军既来，正在滨州一带抢运物资的东岸人也匆匆撤退了。来自大顺的掌旅蔡华泽带着手头几百人加上五百名东岸军夫，驱赶着大群滨州左近的百姓，押运着收割完毕的粮食，也缓缓向青州方向退去。沿途的清军势力已被扫荡一空，即便有侥幸没被扑灭也都吓破了胆，因此他们这一路上也还算安全。
清军调动频繁，而这些莫茗都还不知道，因为此时他正在济宁州城下亲自指挥攻城战。十多门加农炮围着城墙一次排开，猛烈的炮火大头墙体上砖石横飞，大片城墙露出了内部黄色的夯土。守城的清军知州将自己妻妾子女全部斩杀，然后号召城内士绅出粮出人，誓死抗击黄衣海寇。同时也在城内散播谣言，说黄衣海寇杀人不眨眼，食人心、吃肚肺，很是蛊惑了一些不明真相的百姓上城助守。而当有少数人指出黄衣贼在登州将地主士绅的田地分给无立锥之地的贫民时，这些人很快便被扣上了海寇奸细的帽子当场正法。
激烈的战斗继续进行，城头的清军大声吼叫给自己壮胆。但莫茗却视若无物。自己的部队又不是纸糊的，还怕打不过这些清军临时召集起来的杂七杂八的地方丁勇？况且，这些被一时蛊惑而血气临头的乡勇们在面对黄衣大炮发出的金属风暴后。多半便会血气消散一走而空。在山东打了这么多年，莫茗见多了这些情况。
12月25日。济宁东城墙大面积坍塌。任复性派来的杜冲所部主动请缨，要求攻入城内直取州衙，莫茗嘉许慰勉后下令其部进攻。只不过不知道是清军乡勇守卫家乡战意顽强呢，还是杜冲所部实在太菜，在一开始攻进城区后又被逆推了回来，死伤了三四百人，士气也为之大损。
杜冲部败退了回来，莫茗并不着急。他立刻将谢迁拎了出来，下令即刻进行攻击。谢迁跟清军早就势不两立了，此时也无二话，带着四千多弟兄分批杀了过去。他的部伍经过稍许整训，裁汰了一些老弱和兵油子，战力有所提高，因此这次总算没被逆推了出来，反而仗着人多势众步步为营杀了进去。
而就在这时候，早就被莫茗派出去的丁明吾也率着自己的上万部属从北城用蚁附攻城法攻了上去。济宁州的清军兵力薄弱，且大半被吸引到东城。此刻猝不及防之下顿时一击而溃，竟然让丁明吾精挑细选的数百名选锋占住了一处城头。
丁明吾部占据城头后立刻依托源源不绝的援军，将增援过来的少许捕快、衙役之流的清兵击溃。然后打开了北城门，将自己的主力部队放了进来。至此，清军大势已去。
冲进城内的“义军”立刻开始了劫掠，甚至杜冲所部还与丁明吾的一些部属为争夺战利品而打了起来。不过很快东岸挺身队入城，抓捕了一些闹得太过分的杜、丁二部的士卒并当场斩杀，这才很快止住了混乱的局面，济宁州也终于免掉了成为第二个滋阳县的噩运。
攻占济宁州后，莫茗首先下令黑人重步兵控制府库。济宁州是大运河上的重要节点，同时也是繁华的商埠。城内官仓府库内多有钱粮，甚至还有一些军资。此外。城内士绅商家也很多，各家存在宅子里的钱粮也是不少。莫茗让清军俘虏挨个指认。凡是资助过已自焚身亡的清知州守城的士绅商人一律锁拿，并当场明正典刑，家产亦予以没收。
在处理这些琐事时，打探军情的侦骑也是四处出击。库尔汉麾下的斥候们有三百五十骑之多，这些来自白山黑水的猎人弓马娴熟、装备精良，穿上缴获的清军棉甲、避雷针后看起来比真鞑子还真。他们在兖州府一带东跑西窜，一边打探各路消息，一边趁机绘制地图。而在他们的努力下，各方面的消息也次第传来。