在这种局势下，叶天不得不召回祖大寿和郑将军，甚至连多尔衮也被派往蒙古草原，以稳定军心和民心。
金陵城仅留下袁崇焕和梁骁邕协助秦先生处理政务和军务，而王自用则悄悄率领军队返回洛川，迅速平定叛乱，随后又急忙赶往寿阳。
李自成与张存孟麾下的众多将领，各自为战。被王自用和祖大寿驱逐或消灭，甚至有一部分直接投降，归顺了朝廷。
李自成的消息传递得并不迅速，事实上，他早已放弃了对其他地区的控制。那些被放出去的将领不过是李自成放出的烟雾弹，意在麻痹朝廷和叶轩。
金陵城剩下的将领已经不多了，在兵力方面，李自成和张存孟显得更为强大。各个家族逐渐展现出动静，即便金陵城依旧由叶轩掌握。若要掌握金陵城，唯有在官府内部寻找机会。
在金陵城根深蒂固的世家大族，除了叶天派来的外地官员，那些小吏和衙役几乎都是本地人，其中有些人与世家有着特殊的关系。
因此，世家首先争取的是这些基层官员和差役的支持。然后逐步向上渗透，一层一层地贿赂和腐化。
金陵城的腐败自下而上蔓延开来，不再像最初那样团结一致，心系百姓。
对于李自成的这些小动作，叶轩并非不知情，梁骁邕和秦先生也心知肚明，但他们任由那些小吏、衙役和文书被利益诱惑所俘获。
朝廷与世家之间的斗争正式展开，以金陵城为中心，向四周扩散。尤其是金陵城和京城的情况最为严重，虽然没有达到民众无法生活的地步，但确实给政府的治理带来了不少挑战。
那些不甘心同流合污的人，因家人的反对，只能考虑退隐，短时间内，金陵城的官员和差役竟然都难以找到合适的人选。各个地方的世家都对朝廷的政策有所抱怨，而金陵城的世家也不例外。各地的名门望族也对朝堂心存芥蒂。所以，各地的世家看到金陵城的动作后，也陆续采取了类似的措施。他们首先影响基层的官员和办事员，随后逐渐向高层扩展。这一点，使得各地的政府机构陷入了困境之中。新朝刚刚建立，各地的治理制度还在逐步完善中。这一举动立刻使世家和朝廷之间的矛盾激化，形势变得紧张起来。在这场看不见的对抗里，倘若官方失利，朝堂可能会变成世家的棋子，但叶轩决不允许这种情况出现。但如果世家失利，延续千年的政策将立刻被颠覆。世家再也无法重现往日的辉煌。李自成正是意识到这一点，采取了相应的行动。才将矛盾转移到世家与朝廷的对立上。
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