小智和小霞在成都地区的圆朱市玩了一周的时间，接到了联盟的联系，说是合众地区的荒野名胜区发现了一个新的遗迹，联盟命名为巨神遗迹，挖掘工作只差最后的一步就可以顺利完成了，但据挖掘的工作人员说遗迹最下面的神殿中有一只霸主体型的泥偶巨人在守护遗迹。
工作人员们也都尝试过战斗，但是实力相差太过悬殊，只能将这件事回禀到联盟，联盟这就找上了小智想让他收服这只泥偶巨人。这件事说起来跟小智还有些关系。
两年前在荒野名胜区的古代城堡中，火箭队还挑起了暗夜计划，这个巨神遗迹就是在当年暗夜陨石爆炸引起的地面震动后出现的。
小智和小霞便前往了合众地区的飞云市，从飞云市到荒野名胜区就不远了。
小霞看着沙漠中显露出来的遗迹入口，道：“这就是遗迹的入口了吧！”
洛托姆图鉴确认道：“地图显示的就是这里洛托！”
找路之类的活还是交给洛托姆图鉴给方便些，所以小智这次特意将洛托姆图鉴从大木博士那里暂时拿了过来。从阿罗拉地区回来后，洛托姆图鉴就成为了大木博士的好帮手。
“你们好！你们就是小智博士和小霞小姐吧！”
一个带着烛光灵的大叔看到了小智和小霞，便走过来出声询问。
小智道：“就是我们，你应该就是遗迹挖掘团的团长吧！”
团长道：“就是我！小智博士小霞小姐你们先跟我来基地一下吧！”
小智两人跟着团长来到了他们的发掘基地中，工作人员们在清理和修复一块发掘的石碑。团长介绍道：“这块石碑上就是记录了巨神遗迹的情况。石碑上的文字翻译过来就是在很久以前，人们为了保护遗迹制造了巨神，我们发现神殿中的泥偶巨人的时候就在猜想这个巨神指的会不会就是它！”
小智仔细看了看石碑上的内容，确实印证了神殿里的泥偶巨人就是碑文中提到的巨神。小智手指向了石碑最下方的一个螺旋标记，道：“这就是进入神殿的钥匙了吧！”
团长道：“小智博士说得不错，我们就是用这个标记才进入的神殿。”
小霞道：“事不宜迟，我们现在就进入遗迹吧！”
小智道：“我也正有此意！”
团长问道：“需不需要我们的工作人员带你们去神殿？”
小智道：“不用了！”
巨神遗迹里面的通道很长，光线不是很充足，这时候洛托姆图鉴的照明功能就派上了用场。小霞道：“这里真的挺黑的，不知道这个通道还有多长！”
小智道：“差不多很快就到转角处了。小霞注意脚下别踩到彩色的石砖上，彩色的石砖下面都是机关，虽然没有什么威胁但是碰到也很麻烦。”
小霞点了点头。
没有碰到什么机关，两人顺利来到了神殿外，小智按动了墙上代表钥匙的旋涡标记，似乎传来了一声沉闷的石块掉落的声音，石门就缓缓向两边移动。
神殿里面空空荡荡的，什么都没有！
小霞疑惑道：“不是说神殿中有只霸主体型的泥偶巨人吗？在哪里啊？”
小智道：“团长他们说他们对战收服失败后就退出了神殿并将神殿的门给关上了，那么泥偶巨人应该还在神殿里。我也很奇怪，我的波导之力居然察觉不到泥偶巨人的存在。”
两人一前一后踏入了神殿，小智和小霞分头在神殿中寻找线索，只找到了五个带有螺旋标记的蓝色石砖，以及神殿中心位置的五个圆圈。
小智道：“原来是泥偶巨人启动了封印机关啊！”
小霞道：“小智你是说泥偶巨人就在我们脚下的五个圆圈里面吗？”
小智道：“没错！穿山王、暴噬龟你们出来帮忙！”
加上皮卡丘刚好可以同时按动石砖，随着石砖的按下，中心的五个圆圈也开始转动，当图案形成了螺旋标记的时候，突然绽放出了耀眼的光芒。