小智道：“生命宝玉本来就是阿尔宙斯的东西，不是你的！”
奇辛道：“我这么做都是为了米季纳！失去生命宝玉，这里将会再次变得荒芜！未来也将什么都没有！”
小智道：“你真以为这所谓的银之水就能杀死阿尔宙斯吗？那我明确的告诉你，阿尔宙斯是神明中的神明，生命宝玉只是辅助，想要杀死它银之水恐怕还不够资格。而且真正使得米季纳变为富饶之地的是你们，是你们的辛勤耕耘。为了私心就想要占据生命宝玉，你今日的所作所为会给未来的人带来多大的灾害你明白吗？”
小智将奇辛直接交给了达摩斯，相信他会给奇辛一个处置的结果的。
小刚与小光也成功破坏了银之水注入的装置，梦幻的精神强念将阿尔宙斯救了出来，小智将生命宝玉也归还给了阿尔宙斯。重新恢复力量的阿尔宙斯，道：“少年，你叫小智对吧！真是非常感谢你！”
日全食之日，阿尔宙斯如期降临，达摩斯也按照约定将生命宝玉重新归还给了阿尔宙斯。达摩斯和希娜共同使用了超克之力，将事情整个告知了阿尔宙斯。
阿尔宙斯道：“达摩斯，希娜你们的想法已经传达给我了！没关系的！”
此时日全食已经过去了，生命宝玉的光芒重新化为了阿尔宙斯的五个生命之源，重新融入了阿尔宙斯的体内。
阿尔宙斯恢复了力量，但历史的原因还是使得它陷入了沉睡。阿尔宙斯回到了它自己的空间里，小智它们也在达摩斯的送别下回到了原来的空间。
达摩斯在众人临行前，跟他们保证道：“小智、小光、小刚、希娜，你们放心，未来的米季纳只会更加富饶。”
小智四人回到了现实，此时的米季纳已经恢复了没有被阿尔宙斯的制裁光砾破坏前的样子，被众神兽围着的阿尔宙斯也停下来了动作。阿尔宙斯看向了小智道：“历史得到了修复！好久不见，小智！你们的世界真是一个美丽的地方！”
小智道：“是我们的世界！”
阿尔宙斯笑道：“我都忘记了，我也是这个世界的一份子！”
小智见阿尔宙斯想起了千年前的记忆，就把自己的宝可梦们收进了精灵球里。整个米季纳如达摩斯说得那样，变得更加繁荣富饶了！米季纳变得富饶，依靠的还是人类与宝可梦的共同努力。
宾客找到了小智四人，他与希娜兴奋的抱在一起，小刚的心彻底碎了！
时空三神也各自回到了各自的空间中，众人再次目送阿尔宙斯远去。米季纳遗迹中多出了一块石碑，上面画着的正是小智四人、达摩斯与阿尔宙斯。
小光道：“大家来看，这里多了一个石碑。上面画的是我们哎！”
希娜看着石碑上的字翻译道：“教导何为信赖之心的未来的孩子们啊，希望米季纳的未来会成为一个更美好的地方，我会永远为你们祈祷，你们所处的未来是什么样的地方呢？”
希娜感动道：“达摩斯先生！”
【完成剧情任务超克的时空，奖励积分】
小光为了参加睡莲镇举办的华丽大赛，一行人再次踏上了旅程。
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