光武帝与许美人所生的楚王刘英，在明帝当太子时就和明帝关系不错。刘英结交宾客，又在封国作金龟玉鹤，刻文字为符瑞，积极准备造反。被一个叫燕广的人告发，有司奏情要求诛杀他，刘庄不忍，只是把他罢免流放。后来刘英自杀。刘庄发现刘英结交士人官吏的名录，为此兴了大狱，株连了很多人。[]
郭皇后生的两个儿子刘康和刘延也在封国结交宾客，图谋不轨，但因为不像刘荆、刘英那么严重，所以只是被削减封地。[]
限制豪强
光武中兴后鉴于王莽篡位，所以对外戚还是有所限制，但同时他又利用外戚来防范宗室。在大司马吴汉死后，光武想让自己的小舅子阴兴接任大司马，因为大臣的反对才做罢，但死后仍然让自己的女婿梁松辅政。
明帝即位后，一改光武为政时的柔道，而大刀阔斧地代之以刚猛。刘庄根据光武帝生前的意思，画将于云台，但对自己的岳父马援却不予收入，这就给大臣们一个信号，就是自己要限制和约束外戚。而且，他在位时，他的三个大舅子、小舅子马廖，马光，马防都位不过九卿。
随后他就开始处理外戚和豪强们，功臣、大司空窦融不善于约束自己的家人和子弟，结果子孙多不法。窦融从兄子窦林坐欺罔及臧罪，下狱死。窦融的长子也是光武的附马窦穆因为封地离六安国比较近，就想占据六安，于是假传阴太后的旨意，让六安侯刘盱休妻而娶自己的女儿。后来此事被明帝知道，窦穆被免官，窦氏人中，除了窦融留京，全被迁回故郡。窦融也被刘庄斥责，吓得窦融也辞职回家养病。窦穆等后来被赦免，允许回京城居住，但明帝派人严格监视他们。窦穆心怀不满，口出怨言又贿赂官吏，结果他和两个儿子窦宣、窦勋都死在狱中。
太后阴丽华的弟弟阴就的儿子附马阴丰，杀了公主，虽然阴太后还在，但刘庄也不徇私情，将阴丰杀死，阴就夫妇也自杀。
刘庄又以“怨望、县飞书诽谤”为由杀了河西功臣梁统的儿子同时也是自己姐夫的梁松。
经济
治理水患
汉明帝的重要政绩，是任用王景治理黄河和汴渠。西汉平帝时，黄河、汴渠决口泛滥，其后战乱发生，一直没有整治。刘秀曾想修建堤防，但因天下初定，国力负担不了如此浩大的工程，而当时危害并不显着，因此作罢。明帝时，人口日益增多，决溢的黄河、汴渠危害日益严重，中原百姓治河的呼声越来越高。
永平十二年（公元69年），明帝决意解决这个问题，此时，有人向他推荐了王景。王景是乐浪郡（今朝鲜平壤一带）人，博览群书，知识广博，对水利工程颇有研究。明帝询问治水的各种难题，王景分析利害，应对敏捷，明帝“善之”，赐给他《山海经》、《河渠书》、《禹贡图》等。
同年夏天，明帝征集数十万士卒、民夫，派王景治水。王景“乃商度地势，凿山阜，破砥碛，直截沟涧，防遏冲要，疏决壅积”，修筑了从荥阳到千乘海口1000多里的黄河大堤。这次治水非常成功，后人有“王景治河千年无患”之说，此后900多年，黄河没有改道，决溢次数也不多，积患已久的黄河问题得到彻底解决。
供应尚书台
汉明帝常夜巡尚书台，看见尚书郎药崧半夜吃糟糠充饥，没有被子，枕着桌子睡。刘庄龙心大恸，立即下诏：今后尚书台官员值夜，均由朝廷供应夜宵和早餐，并提供被褥枕头，以及女侍史两名听候调遣。[] [
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兴办教育，接收外国留学生
刘庄崇尚儒学，即位后亲自讲经，群儒云集，在洛阳圜桥门观看、听讲的人数，“盖亿万计”。[] 他还命令皇太子、诸侯王及大臣子弟功臣子弟，都要读经。
永平九年（公元66年），汉明帝又为外戚樊氏、郭氏、阴氏、马氏诸子弟在南宫创办学校，号称“四姓小侯学”。同时设立五经师（教授五经的学官），聘任高明的经师传道授业。于是，期门、羽林的守卫士兵全都通达孝经；就连匈奴单于也派遣自己的王子们来到东汉都城洛阳留学，这是史上第一批外邦留学生，[ 《后汉书》赞曰：“济济乎，洋洋乎，盛于永平矣！”[]
恢复冕服，定型汉服
秦始皇即位，废除冕服制度，郊祀之服皆穿戴袀玄。西汉沿用秦朝旧制，亦服用袀玄。直到东汉时期，汉显宗（汉明帝）即位后首次服用旒冕，恢复了冕旒制度；[33] 并为汉服修补定型，确立了汉服的最终完整体系。[]
刘庄亲自与东平王刘苍讨论，制定了祭祀天地和祖先的仪式，按等级建立了一套天子王侯百官的车服制度。周礼冕服制度即在永平二年（公元59年）恢复。[]
永平二年（公元59年），首次诏令有司参照《周官》、《礼记》、《尚书·皋陶篇》等古籍恢复冕旒制度，并作出定制：冕板皆广七寸，长一尺二寸，前圆后方，冕板顶部为玄黑色，冕板里部为朱绿色，前垂四寸，后垂三寸。天子系白玉珠为十二旒，以其绶的颜色作组缨。三公诸侯为七旒，青玉为珠；卿大夫为五旒，黑玉为珠。皆有前无后，各用其绶的颜色作组缨，旁垂黈纩。祭祀天地、宗庙、明堂时，则戴上冕旒。
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