上述几点均含此意，而书中已有脏腑辨证、经络辨证、八纲辨证、六经辨证的内涵。
制方遣药：《黄帝内经》虽载方药无多，但其方药之理已具。
针刺灸祔：《黄帝内经》言经络、腧穴、针刺、灸祔者非常多，仅仅补泻手法：就有呼吸补泻、方员补泻、深浅补泻、徐疾补泻和轻重补泻等，这些手法一直到现在所沿用。
黄帝内经其学术思想便是天地万物都是气诞生的，所有的一切和气都紧紧相连。
《黄帝内经》认为“气”是宇宙万物的本原，“太虚寥廓，肇基化元，万物资始，五运终天”。
在天地未形成之先便有了气，充满太虚而运行不止，然后才生成宇宙万物。
这其实是揭示天体演化及生物发生等自然法则。
在宇宙形成之先，就是太虚。太虚之中充满着本元之气，这些气便是天地万物化生的开始。
由于气的运动，从此便有了星河、七曜，有了阴阳寒暑，有了万物。
阴阳五行的运动，总统着大地的运动变化和万物的发生与发展。
《黄帝内经》还认为人与自然息息相关，是相参相应的，自然界的运动变化无时无刻不对人体发生影响。
《素问·宝命全形论》说：“人以天地之气生，四时之法成”。
是说人和宇宙万物一样，是禀受天地之气而生、按照四时的法则而生长。
人生天地之间，必须要依赖天地阴阳二气的运动和滋养才能生存。
人体的内环境必须与自然界这个外环境相协调、相一致，这就要求人对自然要有很强的适应性。
《灵枢·五癃津液别》说：“天暑衣厚则腠理开，故汗出。
……天寒则腠理闭，气湿不行，水下留于膀胱，则为溺与气。”
这显然是水液代谢方面对外环境的适应。
人的脉象表现为春弦、夏洪、秋毛、冬石，同样是由于人体气血对春夏秋冬不同气候变化所做出的适应性反应，以此达到与外环境的协调统一。
如果人们违背了春生夏长秋收冬藏的养生之道，就有可能产生病变。
就是一日之内、日夜之间，人体也会随天阳之气的盛衰而相应变化。
如果违反了客观规律，也会受到损害。
人与自然这种相参相应的关系在《黄帝内经》中是随处可见的。
无论是生理还是病理，无论是养生预防还是诊断与治疗，都离不开这种理论的指导。
人是阴阳对立的统一体，这在生命开始时已经决定了。
具有生命力的父母之精相媾，也就是阴阳二气相媾，形成了生命体。
生命体形成之后，阴阳二气存在于其中，互为存在的条件。
相互联系、相互资生、相互转化，又相互斗争。
从人体的组织结构上看，《黄帝内经》把人体看成是各个层次的阴阳对立统一体，还把每一脏、每一腑再分出阴阳，从而使每一层次，无论整体与局部、组织结构与生理功能都形成阴阳的对立统一。
《黄帝内经》所说的五脏，实际上是指以肝心脾肺肾为核心的五大系统。