为了更好的管理帝国，赵不二采用了陈群提出的九品中正制，添加三省六部制、科举制，并进行了一系列的修改、完善，最终整个朝廷以吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部、商业部、科教部、财政部九部为主体行政框架，另设御史台，柩密院以及内阁等机构辅助。
于此同时，赵不二迁都长安，并改州为省，司隶为中州省、幽州为北京省、青州为山东省、徐州为广陵省、扬州为九江省、荆州为长沙省、交州为龙川省、冀州为真定省、并州为太原省、凉州为陇西省、豫州为汝南省、兖州为山阳省。
原扶余、高句丽、三韩地区改为高丽省；乌桓与并州东部地区的鲜卑草原定为东胡省；并州西部地区草原为西戎省；护西域都护府改为域州省，其内各族必须听从大燕帝国的指挥和委任，但有违抗者，杀无赦！
村长为九品官职；镇长为八品；县令六品、县丞与县尉为七品；太守四品、郡都尉五品；各省设高官一名，为二品大员，高官只负责处理内政事物，不得插手军队，麾下各曹从事皆为五品。
九部中，吏部为管理文职官员的机关，掌品秩铨选之制，考课黜陟之方，封授策赏之典，定籍终制之法；吏部下设文选司、验封司、司勋司和考功司。
文选司掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选；验封司掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务；司勋司掌文职官员守制、终养、办理官员之出继、入籍、复名复姓等事；考功司掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计。
户部掌全国疆土、田地、户籍。其内部办理政务按省设司。目前大燕帝国共十六司！
礼部掌典礼事务。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；藩属和外国之往来事。
下设祠祭司，掌吉礼、凶礼事务；御膳司，掌筵飨廪饩牲牢事务；铸印司，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信；外交司，掌接待各藩属、外国使节及翻译等事。及同各国的外交事宜。
科教部管理全国学校事务及科举考试，下设科教司，管理学务、科举考试事；文教司，管理各地太学及各地私学，各地学校开办教学必须有文教司允许，卫生司，规划卫生建筑，管理国内卫生与环境。
兵部掌全国军籍及武职官员的机构。执掌内外武职官员的除授、封荫之典，乘载、邮传之制，甄核、简练之方，士籍、军实之数。兵部下设车驾司，掌全国马政及驿传等事；职方司，管理全军的薪俸，关禁与海禁；武库司，掌全国之兵籍、军器并武科考试之事；兵役司，掌全国各地郡兵征召，训练及全军的编制。（管理预备役）
商业部，管理国家贸易，商业运行政策，国家进出口商品管理等等。设平价司，监管国中货物价格，在适当时候提出修整，确保物品价格在一定的阈值以内；商税司，专门针对商人设定的税务部门；产业司，管理国有企业。
刑部的内部组织机构的设置与户部相同，按省设司；各司除分核本省刑名外，执掌他省及衙门的部分文书收发和某些日常政务。
此外，另设督捕司，掌督捕逃亡事；秋审司，掌核秋审、朝审各案；减等司，掌汇核各省及现审各案之遇赦减等事；提牢司，掌管狱卒，稽察南北所监狱的罪犯，发放囚衣、囚粮及药物等；赃罚库，掌收放现审案内赃款及没收各对象，并保管本部现银及堂印；赎罚司，掌罚罪事；律例司，掌修订法律。