入侵种对于本地种个体具有着快速而显着的影响。例如，个体在面临入侵的捕食者或竞争者时，生长或生殖率会出现明显的下降。同时，生物个体的形态在面对入侵者时也会产生改变。个体也会由于入侵者的捕食或竞争而产生行为学上的反应，例如改变对资源的利用模式。
对遗传的影响入侵种和本地种之间可以通过直接的基因交流——例如杂交和基因渗透（introgression），对本地种的遗传产生影响。例如，入侵种与本地种之间可能通过杂交，产生一种新的、有入侵性的杂合体基因型，例如北美的平滑网茅与欧洲的杂交可形成了一种新的更有入侵性的多倍体物种（S.anglica）；
入侵种和本地种可能还会杂交产生不育的杂合体，与本地种竞争资源，对于濒危种其实是浪费配子；再如入侵种和本地种可能产生一群杂交体和广泛的基因渗透，通过“基因污染”而导致本地种的灭绝。
入侵种也可以通过改变自然选择的模式或本地种群间的基因流通间接影响本地种的遗传。例如，当入侵种施加强烈的选择压力时，本地种的自然种群可能会改变其等位基因频率；再如入侵种可能通过造成本地种种群的斑块化，从而切断基因流动。
对种群的影响种群的分布、结构（年龄或大小）以及增长率等，都会严重受到入侵种的影响。例如入侵种可能会通过占领本地种的生态位，减少本地种的可利用资源，导致本地种种群的增长率大大降低，进而将本地种排斥出去。
对群落的影响入侵种会严重的影响群落的组成与结构。尽管入侵种的大量迁入可能会增加总体的物种丰富度，但由于入侵种竞争力强，本地种往往被其取代，甚至群落的建群种也会发生变化。这些变化进一步改变了原有的生境，导致其他的本地种的消失，引起生物多样性的下降。例如引入澳大利亚北部的含羞草（Mimosapigra）将开阔的莎草湿地转变成灌木丛，导致一些特异的本地动植物失去其生境而消失。
此外，入侵种还可能通过对本地种的捕食、寄生等作用，影响到本地种的生存，进而改变群落的组成和结构。
入侵种对一生态系统功能和过程的影响所引起的变化可发生在资源库或供应速率；动植物对资源的获取率；干扰体系。例如，入侵树种Myricafaya通过固氮和增加土壤中可利用的氮而影响在贫瘠的火山土里的演替进程。
入侵种也可以通过改变生境的物理特性而极大地改变生态系统功能。例如，非本地草食动物可导致大量的侵蚀与滑坡，因而严重地影响了溪流生态系统。
一个外来物种进入一个新的生态系统，最后是否形成入侵通常取决于两个因素：进入新环境的外来入侵物种的自身特点，以及这个环境是否容易被这个物种入侵。称为生物入侵者，入侵物种特点广域的分布和快速的扩散能力。
这两个特征可以进一步引申为具入侵性的物种的生活史较短、结果时期较长、种子数量较大、种子体积较小、种子存活时间较长、易于被风和动物传播等。另外，一些研究也指出生活型或功能群与可入侵性有关，但没有哪一种生活型在所有生境中都具有入侵性。
和外来入侵种一样，这些容易遭到入侵的生态系统也具有一些共同特点：具有足够的可利用资源；缺乏自然控制机制；人类进入的频率高。