茵蒂克丝的保护系统“移动教会”被上条当麻的右手破坏。那个追与逃的游戏之所以不断上演，而没有得到茵蒂克丝的怀疑，这其中固然有着一年消除一次记忆的关系，可是“移动教会”的存在也是不可忽视的因素。
作为魔法侧顶级的灵装，“移动教会”拥有核弹级的防护力，完美重现了教堂的防护力，故称为移动教会。除非力量达到一击将布满结界的伦敦大教堂摧毁，否则那些力量都将被“移动教会”吸收，不会伤到穿戴者一丝一毫。
茵蒂克丝正是凭借着这个灵装。让她可以满世界跑而不会被伤害，跳楼逃跑也是因为这个因素。完全不会被摔伤嘛。
对于茵蒂克丝的到来，高飞倒是不会产生任何的邪念。她脑袋中的魔道书对于魔法师来说的确是难得的珍宝，可是对于修真者的他来说，根本没有任何价值，连借鉴的价值都没有。
更何况，茵蒂克丝的设定发生了变化，她的作用大大降低。在原剧情中，茵蒂克丝的大脑中纪录了十万三千本魔道书，这是全世界所有魔道书的总和。
但是在现实中，一个隶属于英国清教“必要之恶教会”的人，根本不可能获得其他教派的魔道书传承，这是足以引发战争的重大事件。以英国清教的实力，还不足以收集到其他教派的魔道书。
即使如此，一个掌握了英国清教所有魔道书传承的存在还是极为珍贵的，以这种莫名其妙的方式进入学园都市，也就代表着学园都市和英国清教的结盟，为了对抗强大到无以复加的罗马正教。
作为传承了数千年的魔法侧，罗马正教是其中最为强大的势力，号称拥有二十亿信徒，实力之强，冠绝全球。
但是魔法侧并不是铁板一块，各个宗教都有着属于自己的心思，罗马正教内部也是派系斗争不断。
其中英国清教就是一个亲近学园都市的势力，为了对抗日益跋扈的罗马正教，二者暗中结成了联盟，一同处理那些棘手的魔法师引发的事件。
学园都市之所以不断的退让，就是因为还没有做好战争的准备，罗马正教不断地挑衅，全部以极为体面的方式解决，让魔法侧没有发动战争的借口。
并不清楚其中详情的神裂火织和史提尔就这样一头撞入了科学侧的核心学园都市之中，而且还没有受到任何的阻挠，可见上层已经给他们开通了特别网络。
神裂火织并不知道茵蒂克丝的灵装“移动教会”被人损毁的事实，以往的出手一击就将茵蒂克丝砍成了重伤。
作为暗中保护茵蒂克丝的存在，原本亲密的伙伴，结果居然做出了伤害茵蒂克丝的事情，这让神裂火织陷入了自责之中。
于是治疗茵蒂克丝的事情就落入了史提尔之手，可是就在这个短短的空挡，上条当麻先于一步回来了，看到了躺在血泊之中的茵蒂克丝。
误会于是产生，上条当麻和魔法侧的冲突正式展开，并且一步步走入了魔法和科学的漩涡之中，无法自拔。
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