秋七月，负责监察百官的御史台官员李定、何正臣、舒亶等人接连上章弹劾苏轼。弹劾的导火索正是上表中的这两句话。认为苏轼是攻击朝政，反对新法。还从苏轼的其他诗文中找出个别句子，断章取义，罗织罪名。比如“根到九泉无曲处，世间惟有蛰龙知“两句描写两株桧树挺拔不曲的雄姿，抒发自己不为权贵折服的豪迈感情的诗句，被他们作为指控苏轼对神宗”不臣“的依据。
神宗都大为恼火，亲自批示，七月二十八日，台吏皇甫僎携吏卒急驰湖州勾摄苏轼。
当时驸马都都尉王诜与苏轼交情深厚，秘密遣人告诉当时任南京幕官的苏辙，苏辙立马派人往湖州告知苏轼。当时皇甫僎快马如飞，但是由于儿子生病在润州停留半日。故苏辙人马先到，苏轼提前知道消息后立即告假，由通判祖无颇权摄州事。皇甫僎到达湖州后，态度十分强硬的将苏轼押解赴京。
苏轼被下狱了，与苏轼关系密切的亲友，如苏辙、司马光，甚至连过世的欧阳修等20人都受到了牵连。
乌台诗案一出，凡是与苏轼有关联的都受到了牵连，梁府为了撇清，将梁师成母子赶出了梁府，梁师成的生母也因此一场大病撒手而去！
年幼的梁师成千里寻父，历尽千辛来到了东京，而苏轼此刻还在大狱生死未知。
新党还在穷追猛打，想通过打倒苏轼牵涉进更多的人来达到自己的目的。
御史舒亶不但认为牵连入案的王诜、王巩都罪不容诛，甚至因收受讥讽文字，不申入司的张方平、司马光、范镇等也都该杀头，其言曰：“收受轼讥讽朝政文字人，除王诜、王巩、李清臣外，张方平而下凡二十二人，如盛侨、周邠辈，固无足论。乃若方平、司马光、范镇、钱藻、陈襄、曾巩、孙觉、李常、刘攽、刘挚等，盖皆略能诵说先王之言，辱在公卿士大夫之列，而陛下所当以君臣之义望之者，所怀如此，顾可置而不诛乎？”
不过苏轼的那些友人们也没有放弃，旧党更是竭力营救，一旦苏轼被杀，就代表了旧党全面败退，曹家联系上了光献太皇太后曹氏！
苏轼陷狱之初，太皇太后已在病中，接连几日，看到皇上神色颇不愉快的样子，便问：“官家何事数日不怿？”
“更张数事，皆未能就绪。有苏轼者辄加谤讪，甚至形于文字。”
“莫非就是轼、辙兄弟？吾尝记仁宗皇帝当年策试完毕后，回到宫来，喜道：朕今日为子孙得太平宰相二人，虽我老矣，已不及用，朕将留遗后人。”
太皇太后问这二人现在何处，皇上对以苏轼现方系狱，曹太后说：“以作诗系狱，得非受了小人中伤。攈至于诗，其过甚微，吾已病矣，不可再有冤滥，致伤中和。”说着，这病中的老太太流下泪来。
神宗天性纯孝，事两宫，晨昏定省，必恭必谨。听了太皇太后的话，心中一震，一边恭答道：“谨受教。”一边也流下泪来。
十月间，太皇太后的病势已很沉重，神宗要大赦天下为太皇太后求寿，太后说：“不须赦天下凶恶，但放了苏轼就够了。”
十月十五日，皇上以太皇太后“服药”，降诏：“死罪囚流以下，一律开释。”
十月二十日，太皇太后光献曹氏崩逝，苏轼以罪人不许服丧，“欲哭则不敢，欲泣则不可”，故作挽词两首，其第二章自维身世，非常沉痛。如曰：“未报山陵国士知，绕林松柏已猗猗。一声恸哭犹无所，万世酬恩更有时。梦里天衢隘云仗，人间雨泪变彤帷。关雎卷耳平生事，白首累臣正坐诗。”
这个时候，神宗皇帝已经决定对苏轼从轻处理，只是缺少一个台阶。