1607年的8月，朱由栋打着去方山避暑的名头，直接停了他和南京大员们的每旬例会。一头扎进了方山实验室。
所谓方山实验室，其实就是未来科学研究院的雏形。在这里面，分为几个大类。
第一类是基础科学，负责人是利玛窦。其主要工作是编写代数、几何教材。
在穿越以前，朱由栋从小念书都跟‘学霸’两个字无缘。当他那些天资聪颖的同学玩着玩着就考上了清华北大的时候。他只能通过自己日复一日的刻苦学习才考上了一所二本医学院校。所以，深知自己并不是天才的朱由栋在爬科技树的时候是非常老实的。他会耗费相当多的时间和精力，老老实实的把基础打牢，然后再开始攀爬。
数学，并不会直接产生多少经济效益。但它是自然科学最基础的学科，朱由栋生拉硬拽的把利玛窦带到南京，就是因为中国此时在数学上的水平已经落后于西方，只有靠着外援来把这块短板补齐。
第二类是理化实验室。在玻璃制品迅速走向成熟后，特别是显微镜的使用和显微倍数的不断提高，使得这个实验室的进展极为迅速。
当然，目前方山的显微镜都是光学显微镜，限于光的波长，这一类显微镜是不可能看到原子的。但在朱由栋这个穿越者的强硬干预下，方山理化实验室直接制定出了元素周期表。并且有了简单的分子结构图。
有了这两个东西后，各种物理，特别是化学实验就有了理论指导。所以，当朱由栋来到这座实验室后，负责这个实验室的李之藻就激动的告诉他：硝酸甘油已经可以在实验室稳定生成，硝化棉也初步合成，银镜反应也可以用于大规模生产。
“哦，这不就是说我们的镜子还可以再卖二次钱？”
对于钻到钱眼里的太孙，李之藻接触久了也早就麻木了，根本就懒得谴责。再说了，这实验室里的实验做起来，要花的钱简直海了去，别的不说，前几天一小块硝化棉引发的的爆炸，直接掀翻了半个实验室。
“李先生做实验的时候千万要小心，特别是涉及到有爆炸可能的实验。你对吾很重要，吾不能失去你。”
“臣多谢殿下的关心，只是经过殿下指点，臣只觉得进入了一个广阔的新天地，有的时候，确实有些忘乎所以了。”
“嗯，总之李先生务必保重自己。哦，对了，硝酸甘油这个东西，可曾交给吴大夫的医学实验室做相关实验？”
“五天前第一批硝酸甘油合成出来后，臣就马上送了一批过去给吴大夫，吴大夫说要花点时间找体型肥胖，胸部常有绳索勒紧感的病人试药。所以到底效果如何，臣还不知。不过下一次实验室全体例会在五天后就要开了，到时候臣再问问吴大夫。”
“很好。李先生，接下来，吾交给你的课题是，与兵器实验室的赵先生合作，想办法用硝酸甘油、木粉、硝石、碳酸钙混合，做出稳定的，便于携带的炸药。”
“太孙确定这四种东西混合在一起能够产生比如今颗粒化火药更强的炸药？”
“吾很确定。只是这四种东西彼此之间的比例到底要如何才是完美，这个就要李先生多费心了。”
“是，如此，臣记下了。”
第三个实验室就是医学实验室。
“学生等拜见老师。”
“哎呀，诸位杏林前辈，你们也不看看吾的年纪，如何敢做你们的老师？”
“达者为先，殿下在医学上的造诣我等尽皆叹服不已，殿下理所当然当得起‘老师’二字。”
“不敢不敢，在新医方面，吾是有些奇思妙想。但在中医岐黄之道上，吾要向你们学习的可还很多。”
互相寒暄一阵后，朱由栋坐上主位：“又可，你开始吧。”
“是，老师。”恭敬行礼后吴有性开口道：“借助于光学实验室的显微镜和理化实验室的纯氧提取之法，本实验室的青霉培养速度大大加快。最近两个月，我们成功的在白喉病人身上提取出了白喉杆菌，在肺痈病人上提取出了金黄色葡萄球菌。近期，在使用本实验室培养出的青霉对其攻击后，均实现了完全杀灭。下一步，本实验室计划开始活体动物实验。”