在孔府衍圣公之下，设有三堂，六厅，作为家族具体的管理和办事机构。
其中，孔府大堂是衍圣公申饬家法族规，审理家族案件之地，而这明显和朝廷严令禁止私设公堂有冲突。
而六厅也是仿照前明时六部的模式所设立，可分为典籍，司乐，百户，管勾，知印，掌书六个厅。
典籍负责祭祀的时的礼仪，司乐负责祭祀时的乐器，百户掌管林庙守卫，下设百户衙门，可以直接管理庙户。
管勾厅也和户部一般，负责收取各地的租粮，租银，下面还设屯官，总甲，小甲等，俨然就是一套独立的机构。
知印，掌书，掌管印信和文书，此外，还有从三品到九品的圣庙执事官数十人，属员六百名。
凡孔府佃户，庙户，仆役及孔氏族人犯了法，概由孔府自行审断，孔府可以开堂审讯，可以持信票随便抓人，也可以动刑具，武进坤可以想象到，孔家灾年时，为了兼并土地，定然会有无数的罪恶在里面产生。
看到后面，武进坤气的将文书拍在桌上，对着陆平语气冰冷的说道：“我就是被万人戳脊梁骨，我也要把新制套在孔家的脑袋上，孔府如此行径，岂有半点圣人风骨！”
陆平闻言，也担心武进坤一不小心搞出不可收拾的事来，于是他对着武进坤建议道：“武大人，这事看起来有些大，不如写个密函，由我青鸾卫密奏陛下。”
武进坤眉头一皱，道：“不用，我自用朝廷的规制上疏，将这里的情况，详细上报。”
“哎呀，武大人，你这一上书，那满朝不就知道了，走我这边，就是密函，朝廷那些文官看不见的，咱们先悄悄的把事告诉陛下，万一闹大了，到时候不可收拾！”
说到这，陆平又补充一句：“不过，无论如何，这里的事，我肯定是要报给陛下的，武大人，我是建议啊，你这要是上疏到朝廷，那肯定是一场大风波，咱们现在刚到济宁，什么都没准备，就硬上，那接下来的事，可能就不太好办了！”
武进坤听后，沉思良久方才开口，语气平缓的说道：“如此也好，便将孔府一事，密奏陛下，陆大人，青鸾卫需先暗中搜集孔府草菅人命，私设公堂，以及强占土地等各项证据，切记，证据一定要实！”
陆平拍着胸口保证道：“放心，青鸾卫办事，肯定没有冤假错案。”
武进坤颔首默许，随即铺纸磨墨，展袖挥毫，片刻间，洋洋洒洒的文字跃然纸上。
武进坤将自己所得的资料文书，归纳出来，一并呈于纸上，但在最后，武进坤言“孔府虽圣人后裔，臣知此举必将使得士人不安，但臣为国为民，义无反顾。”
随后武进坤反复校订，确认无误后，方将奏疏封口，交给陆平，由青鸾卫秘递。
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