四川的局势已经逐渐安定下来，由于四川地区连年战乱，社会生产几乎完全停顿，无法解决粮饷供应，豪格只好就此止步，欲率领满，汉军经陕西回京，只留下王遵坦，李国英等降将驻守四川。而豪格在准备撤军时，他收到了孔有德的求援信，大军虽征战两年有余，将士疲惫，但豪格仍然决意出川驰援湖广战场。
长沙乃是重镇，孔有德没有再弃城而逃，而是决定死守长沙，李定国抵达长沙后，四面围城，面对城下密密麻麻的明军，孔有德狗急跳墙，把城中百姓全部赶上城墙防守，以壮声势。自己手中仅剩的那点兵力负责守卫城防重点区域，企图固守待援。
大军猛攻三日，城中士气低落，孔有德见势不可逆，准备突城逃离，可四面皆有李定国之众，孔有德毫无逃遁之机，直到闻听南城城门被攻破，孔有德才逃回府衙，在内堂中，将所得之财物聚集一处，随后举火自焚。
攻克长沙后，局势稍缓，李定国摆下酒宴，庆祝胜利。他对与会者说：“文、张诸公（文天祥，张世杰）其精忠浩气，固足以光昭青史，为天地生色，然吾侪之对于国家，窃不愿有此结果也。”一副以文天祥，张世杰为榜样自居。
而孙可望收到李定国的信件后，勃然大怒，而就在这时，李成栋请求封王的奏疏抵达安龙府，永历君臣在商议之后，决定同意李成栋的请求，加封李成栋为镇南王，这更加刺激了孙可望，直到长沙府被攻克，孔有德自焚，孙可望再也忍受不了。
随后孙可望率军回到安龙府，杀明廷官吏十余人，控制朝政，他打着永历皇帝大旗，“挟天子以令诸侯”。孙可望迅速攫取了永历朝廷的朝政大权，成为了实际上的军政一把手，在永历朝廷党争极为厉害的吴楚两党此时鸦雀无声，因为孙可望真的会杀人。
到了这个时候，就算孟浚同意让出南京，孙可望也绝不会同意，控制了朝廷之后，孙可望挟持永历朝廷退往云南昆明，欲以云南之地为基业，实现自己心中的野望。
到了云南的孙可望决定对云南的土地实行改革，过去地主对百姓的政策是，他们收田里收成的六分，百姓拿四分。孙可望来了以后，改变了这个局面，大西军要在这里面拿四分，但是百姓可以拿六分。这六分里面如果你是佃户的话，那就要给地主一分。
唯一吃了血亏的就是地主，不过在西军的屠刀下，无人敢反抗，但有人反抗，便是屠灭满门的下场，在孙可望所部占领了云南大片土地后，他开始大力整顿军务，宣布只要是大军经过的地方，要保证鸡犬不惊。
只要西军内有任何人夺取百姓东西的，立刻斩首。但是如果百姓不举报的话，那要承担跟这个士兵一样的罪责。甚至连当地的官员都要因此而受到牵连。
而且孙可望不允许自己的手下人对云南境内的百姓滥杀无辜，保证公平，使得大西军在云南之地逐渐获得人心。
而孙可望挟持永历帝移都昆明之事，在南方各地引得议论纷纷，诸多士绅皆言，孙可望狼子野心，天下局势大好，竟然将天子移都西南，有操莽之心，不过再多的议论也改变不了已经既定的事实。
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