如果失去了巴达维亚城，那么东印度公司在爪哇的统治也将彻底终结。
于是，东印度公司当局出台了越来越多，越来越严苛的限制、排挤华人的法令。比如命令华人必须蓄留中国人发式，以资识别，违者处以六个月的苦役。
类似这样的做法愈演愈烈，在1740年（乾隆五年）公历七月二十五日这一天，甚至出台了一项决议，其中规定凡是被认为可疑的华侨，不论有无居留许可证，都要逮捕待审；
凡是不能证明其有正当职业的华侨，一律遣送锡兰（今斯里兰卡），由荷兰殖民当局作最后的处置。
随着这项决议的出台，华侨心中压抑已久的怒火终于暴发了，巴达维亚城郊的一些华人开始四下联络，聚集力量，酝酿暴力反抗东印度公司当局。
由于叛徒的出卖，东印度公司方面得到了这一消息，开始为血腥镇压做准备，双方的血战一触即发。
恰在这时，有两个中国人来求见总督瓦尔庚尼尔，声称是带来了清廷军机大臣的信件。
瓦尔庚尼尔满腹狐疑的接见了他们，拆开了吴波的信，看过之后大吃一惊。他一面不动声色的稳住了送信人，一面回到后面紧急与下属商议。
一番计议后，大家统一了意见，不能因为遥远的中国一个军机大臣的一封信，就对已成燎原之势的华人反荷运动姑息纵容，那样将会导致灭顶之灾。
况且，华人们几代积累下的大量财富早已经让这些豺狼们垂涎欲滴，正好借此机会据为己有。
于是，一个罪恶的念头产生了，先将两个送信人秘密关押，待对华人动手时一并杀掉，就等于从来没有收到过清朝军机大臣的信。
将华人杀完后，严密封锁消息，即使将来被清朝廷知晓，就以主动挑衅，杀人暴动的罪名，将责任全部推到华人身上。远隔重洋，清朝政府还能怎么样？
现在的中国早已经不是郑和出使西洋的年代了，郑成功也已经死了几十年了，清朝立国后只知道禁海闭关，自施琅收复台湾后，五、六十年间就没打过海战。
荷兰也不是大航海之前的荷兰了，他们不相信清朝会为了这些背离祖国多年，没为朝廷缴过一文钱赋税的华人而与海上强国为敌，敢出动海军来进攻爪哇。
于是，尽管乾隆曾想尽力阻止，然而该发生的一切终究还是发生了。
随着冲突一步步升级，公历十月八日（中国农历八月二十五日）晚上，华侨起义在巴达维亚城郊正式爆发了，起义者向巴达维亚各个城门发起进攻。
然而，这些平民百姓哪里能打得过全副武装的荷兰士兵、水手？经过一夜的激战，华侨起义者伤亡惨重，被击败而溃退了。
来自城外的危险解除以后，荷兰人掉转了枪口，十月九日晚上，对巴达维亚城内华侨大屠杀的计划开始实施了。
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